生物信息学分析与实践-MATLAB生物信息学工具箱应用 本书特色

本书是生物信息学分析和研究的实践指导，精选生物信息学分析中的重要案例，结合作者多年教学实践，借助MATLAB生物信息学工具箱，进行序列数据分析、芯片数据分析、高通量测序和质谱数据分析等，包括常规的序列比对和统计分析，直接访问网络数据库和本地数据库，以及进行RNA结构预测和多种图形的可视化等。本书从底层开始进行生物学数据常规分析，直观地演示各种函数的使用方法和分析结果。

生物信息学分析与实践-MATLAB生物信息学工具箱应用 内容简介

生物信息学是使用信息技术来处理生物学数据的学科，随着MATLAB生物学工具箱的内容和函数的日渐丰富，利用MATLAB处理生物学数据越来越便捷，通过本书的学习，读者可以更加深入的理解生物信息处理的基本原理和过程。

生物信息学分析与实践-MATLAB生物信息学工具箱应用 目录

目 录


第1章 序列分析
1.1 计算和可视化序列统计特性
1.1.1 人类线粒体基因组
1.1.2 计算序列统计特性
1.1.3 考察开放阅读框(ORF)
1.1.4 考察注释特征
1.1.5 提取和分析ND2和COX1蛋白
1.1.6 计算人类线粒体基因组中所有基因的密码子使用频率
1.2 两两序列比对
1.2.1 序列比对介绍
1.2.2 查找序列信息
1.2.3 确定蛋白质编码序列
1.2.4 比较氨基酸序列
1.2.5 序列比对结果分析
1.3 评估比对的统计学显著性
1.3.1 从MATLAB空间中获取NCBI数据
1.3.2 初步比对和全局比对
1.3.3 评估打分的显著性
1.3.4 打分不具有统计学显著性的例子
1.3.5 局部比对和随机序列
1.4 全基因组比对
1.4.1 提取基因组信息
1.4.2 基因比对
1.4.3 考察分数的含义
1.4.4 利用稀疏矩阵减少存储量
1.4.5 查看同源基因
1.5 分析同义和非同义替换
1.5.1 介绍
1.5.2 提取HIV-1基因组的两个序列信息
1.5.3 计算HIV-1基因的Ka/Ks比值
1.5.4 利用滑动窗口计算Ka/Ks比值
1.5.5 GAG、POL和ENV基因的滑动窗口分析
1.5.6 分析GP120的Ka/Ks比值和表位
1.6 追踪禽流感病毒
1.6.1 禽流感病毒介绍
1.6.2 计算每个H5N1基因的Ka/Ks比值
1.6.3 针对HA蛋白质进行系统发育分析
1.6.4 利用多维变尺度可视化序列距离
1.6.5 在非洲和亚洲地图上展示H5N1病毒的地理区域
1.6.6 利用谷歌地图观察地理区域
1.6.7 在谷歌地图中查看文件
参考文献
第2章 高通量测序
2.1 分析Illumina/Solexa下一代测序数据
2.1.1 简介
2.1.2 读取_sequence.txt(FASTQ)文件
2.1.3 考察序列读数的长度分布
2.1.4 考察序列片段的碱基组成
2.1.5 考察质量打分分布
2.1.6 在标准之间转换质量打分
2.1.7 根据质量打分进行过滤和去除
2.1.8 统计读数出现概况
2.1.9 识别人造的均聚物
2.2 识别RNA-seq数据中差异表达的基因
2.2.1 RNA-seq技术介绍
2.2.2 前列腺癌症数据集
2.2.3 为目标基因建立一个注释对象
2.2.4 输入匹配的短读数匹配数据
2.2.5 确定数字化基因表达
2.2.6 推断RNA表达的差异信号
2.2.7 估计文库规模因子
2.2.8 估计基因丰度
2.2.9 估计负二项式分布参数
2.2.10 经验累计分布函数
2.2.11 测试差异表达
2.3 分析人类末端肠道微生物
2.3.1 人类末端肠道菌群简介
2.3.2 成人远端肠道微生物分类剖析
2.3.3 结合分类分布和基本分类
2.3.4 基于KEGG类进行功能对比分析
2.3.5 基于COG分类进行功能对比分析
2.3.6 基于功能表示集中微生物
2.4 分析马尾藻样本的宏基因组
2.4.1 简介
2.4.2 读取BLAST命中报告
2.4.3 过滤BLAST命中次数
2.4.4 内存匹配的分类学数据文件
2.4.5 用分类学信息注释BLAST报告
2.4.6 根据学名为BLAST命中分类
2.4.7 保存注释的BLAST报告
2.4.8 确定BLAST命中次数的分类学分布
2.4.9 滤除孤立分配
2.4.10 绘制BLAST命中的分类学分布
2.4.11 将分析局限至每个查询的*佳命中
2.4.12 分类节点信息的内存映射
2.4.13 根据更高的分类学目划分BLAST命中
2.4.14 以图的形式表示分类学分布
2.5 研究基因组规模的DNA甲基化谱差异
2.5.1 简介
2.5.2 数据集
2.5.3 为BAM格式文件创建MATLAB接口

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