实用生物信息学 本书特色

生物信息学是运用生物学、数学、计算机科学等多学科技术与手段进行生物信息的获取、贮存、分析、利用的一门交叉学科，是目前生物学研究热门领域之一。本书内容包括两个篇章：一是Windows系统下进行文献检索、数据库使用、引物设计、核酸蛋白质序列分析、进化分析、蛋白质结构分析、miRNA分析等理论与方法及相关软件使用介绍；二是linux系统下面对于基因组测序、RNAseq、miRNAseq等二代测序数据组装、基因预测、注释、表达分析等操作流程及相关软件介绍。

实用生物信息学 内容简介

#从易到难讲解各种工具和技术。
#紧贴科研实践、图文并茂。
#内容深浅合适、可操作性强、实用性高。

实用生物信息学 目录

目 录

第0章 绪论 1
0.1 生物信息学的发展历史 1
0.1.1 Bioinfomatics的来源 1
0.1.2 生物信息学的定义 1
0.1.3 人类基因组计划 1
0.1.4 生物信息学发展重要人物及
大事 2
0.2 生物信息学的研究内容 4
0.2.1 生物分子数据的收集与管理 4
0.2.2 数据库搜索及序列比较 5
0.2.3 基因组序列分析 5
0.2.4 基因表达数据的分析与处理 5
0.2.5 蛋白质结构预测 6
0.2.6 非编码RNA研究 6
0.2.7 表观遗传学研究 7
0.3 生物信息学的生物学基础知识 7
0.3.1 遗传定律 7
0.3.2 DNA分子结构 8
0.3.3 基因结构 8
0.3.4 中心法则 9
0.3.5 密码子表 9
0.3.6 蛋白质结构与功能 9
0.3.7 PCR技术 9
参考文献 10
Windows篇
第1章 文献信息检索 12
1.1 文献资源的分类 12
1.1.1 根据出版形式进行分类 12
1.1.2 综合分类法 13
1.1.3 标识码及编号 14
1.2 文献的格式 15
1.3 文献检索 17
1.3.1 文献检索词的来源 17
1.3.2 搜索数据库选择 18
1.3.3 检索式构建 19
1.3.4 检索结果的处理 21
1.3.5 CNKI数据库查询举例 21
1.3.6 Elsevier数据库检索举例 25
1.4 文献信息的价值判断及阅读 27
1.4.1 文献的价值判断 27
1.4.2 文献有效阅读 29
1.5 科技查新 29
习题 31
参考文献 31
第2章 生物信息数据资源 32
2.1 核酸序列数据库 32
2.1.1 GenBank数据库及其分类 33
2.1.2 Entrz Nucleotide数据库及
其分类 34
2.1.3 NCBI其他数据库 34
2.1.4 GenBank数据格式 35
2.1.5 GenBank数据访问方式 35
2.1.6 基因数据库记录格式及搜索 38
2.2 蛋白质序列数据库 39
2.2.1 UniProt数据库介绍 39
2.2.2 Uniprot数据获得方式 41
2.2.3 UniProt数据库记录格式 42
2.3 蛋白质结构数据库 43
2.3.1 PDB数据库发展历史 43
2.3.2 RCSB PDB数据库介绍 44
2.3.3 RCSB PDB数据库搜索 45
2.3.4 RCSB PDB数据记录 46
2.4 物种基因组数据库 47
2.4.1 小鼠基因组数据库 47
2.4.2 拟南芥基因组数据库 49
2.5 代谢通路数据库 52
2.5.1 在KEGG数据库搜索 53
2.5.2 主页快速链接 54
2.5.3 KEGG通路图及其元素意义 55
2.6 基因组浏览器 57
2.6.1 基因组数据展示内容 58
2.6.2 BLAT搜索 61
2.7 非编码RNA数据库 62
2.7.1 miRNA数据库 62
2.7.2 NONCODE数据库 63
习题 66
参考文献 66
第3章 序列比对 68
3.1 比对程序介绍 68
3.2 比对序列相似性的统计特性 69
3.3 在线BLAST序列比对 72
3.4 本地运行BLAST 75
3.4.1 BLAST程序的下载和安装 75
3.4.2 搜索数据库的索引格式化 75
3.4.3 运行BLAST程序，搜索本地
序列数据库 76
3.5 多序列比对 77
3.5.1 ClustalX的使用 77
习题 80
参考文献 80
第4章 核酸序列分析 81
4.1 基因阅读框的识别 81
4.2 基因其他结构区预测 82
4.2.1 CpG岛的预测 82
4.2.2 转录终止信号预测 84
4.2.3 启动子区域的预测 84
4.2.4 密码子偏好性计算 86
4.3 引物设计 88
4.3.1 引物设计的基本原则 88
4.3.2 Primer 5引物设计 88
4.3.3 利用Primer 5进行酶切位点
分析 91
4.4 核酸序列的其他转换 92
习题 93
参考文献 93
第5章 蛋白质序列分析 94
5.1 蛋白质理化性质和一级结构
分析 94
5.1.1 蛋白质理化性质分析 94
5.1.2 蛋白质理化性质分布图 95
5.1.3 蛋白质信号肽预测 97
5.2 蛋白质二级结构分析 99
5.2.1 蛋白质跨膜结构区分析 99
5.2.2 蛋白质卷曲螺旋分析 101
5.2.3 蛋白质二级结构预测分析 103
5.3 蛋白质三维结构预测分析 104
习题 105
参考文献 105

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